魏晋时期，随着士族南迁，佛教文化开始在萧山流传，并逐渐发展兴盛。运河两岸寺庙林立、香火旺盛。唐代杜牧诗云：“南朝四百八十寺，多少楼台烟雨中。”祇园寺是萧山现存始建年代最早的佛教寺院，始建于东晋咸和六年（331年），由东晋文学家、隐士许询舍宅为寺，初名“崇化寺”。宋英宗治平三年（1066年）赐额“祇园寺”，沿用至今。元代寺院规模扩大，面积已达36亩，今天城区的西河路、体育路、市心路、城河街四至内都曾是寺庙范围，明清时期更有“江南第一山”的美誉，与杭州灵隐寺、净慈寺齐名。民国时期，中华佛教协会还在寺内进行全国寺院住持考试，可见祇园寺地位之重要。始建于南朝的江寺和竹林寺也是萧山名刹的代表。江寺，始建于南朝齐建元二年（480年），相传为南朝文学家江淹故宅，寺前的梦笔桥因“江淹梦笔”典故而得名。初名“觉苑寺”，南宋书法家张即之题额“江寺”，沿用至今。历史上多次重修，现开放为浙东运河萧山展示馆。竹林寺始建于南齐（479-502年），因寺内多紫竹，称竹林寺。相传后晋（936-947年）时寺僧高昙获得妇科秘方，声名鹊起。南宋时，因医僧静暹治愈了皇后谢道清的重病，宋理宗赐封竹林寺上下十世医僧为“十世医王”，并赐名“惠济寺”。自此竹林寺妇科声名远播，传到日本和东南亚国家，医术流传至今已百余世。